医院废水处理设备采用国际先进的生物处理工艺，在总结国内外生活废水处理装置的运行经验的基础上，设计出一种可地埋设置的成套有机废水处理装置，集去除BOD5、COD、NH3-N于一身，具有技术性能稳定可靠、处理效果好、投资省、自动化运行、维护操作方便、不需盖房、不需采暖保温等优点。占地面积小，不影响周围环境。

此装置一般埋设于地表之下，运用二次生物接触氧化处理工艺，它处理的效果超越全混合生物氧化池，对水质的适应性强度高，保证了水处理的稳定性。该设备在池中采用了新型强效弹性立体填料，对污水中的有机物质具有强效去除的功能。该设备通过氧化处理之后，产生的污泥量较少，仅需90天排放一次即可。为了避免放生病菌滋生、传播的现象发生，必须对水质进行深度消毒处理。目前应用最多的消毒工艺有：紫外线消毒、二氧化氯消毒、臭氧消毒。医院需根据污水水质特点及排放量进行选择。

医院污水处理主要是消毒，即杀灭病原体。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒(见水的消毒、废水氧化处理法）。